共有による一番の問題は、処分をするときです。共有不動産の処分は、他の共有者の同意が必要です。
例えば、建物を共有している場合、持ち分を処分したい人がいても、共有者が処分を希望しなければ、処分はできません。
その場合は、持ち分を買い取ってくれる不動産業者に安価で売却するか、共有物分割訴訟の方法をとるほかありませんが、最終的には共同で売却したのと同様になることが多いと思います。
借地上の建物の共有の場合は、地主の同意も問題になります。
また、共有の弊害とは少し異なりますが、自分の土地上に親族の建物が存在する等土地と建物で持ち主が異なる場合は、親族との間で賃貸借契約を締結していない場合が多く、売却したくても現実にはほぼできないというケースもあります。